Zotero

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O Zotero é uma ferramenta gratuita e fácil de usar para ajudá-lo a coletar, organizar, citar e compartilhar pesquisas.
O Zotero é um programa gratuito, fácil de usar ou de extensão do Firefox / Chrome, para ajudá-lo a coletar, organizar, gerenciar, pesquisar e citar suas fontes de pesquisa diretamente no seu processador de texto favorito, com 300 MB de armazenamento online gratuito.
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Alternativas ao Zotero para todas as plataformas com qualquer licença

Qiqqa

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Qiqqa é um gerente de pesquisa e referência gratuito.Pesquise, leia e anote seus PDFs.Depois, revise seu trabalho, escreva e crie bibliografias instantaneamente.
Mendeley

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Mendeley ajuda a gerenciar e compartilhar conhecimento acadêmico: Mendeley Desktop é um software acadêmico gratuito (Windows, Mac, Linux) para organizar e compartilhar trabalhos de pesquisa e gerar ...
TheBrain

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O TheBrain ajuda a organizar todas as suas páginas da Web, contatos, documentos, emails e arquivos em um mapa visual orientado ao contexto..
DEVONthink

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O DEVONthink é uma solução para o dilema da era digital.É o seu segundo cérebro, o único banco de dados de todos os seus arquivos digitais, sejam PDFs, e-mails, documentos do Word ou até arquivos multimídia.
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JabRef é um gerenciador de referência de bibliografia de código aberto.O formato de arquivo nativo usado pelo JabRef é o BibTeX, o formato bibliográfico padrão do LaTeX.
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O WizNote é um software Note, especialmente desenvolvido para usuários da Internet e usuários móveis da Internet.
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O Docear é uma solução exclusiva para gerenciamento de literatura acadêmica, que ajuda a organizar, criar e descobrir literatura acadêmica.As três características mais distintas são:
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Organize seus trabalhos de pesquisa em um aplicativo Web semelhante ao Gmail, sincronize seus PDFs com o Google Drive e cite suas referências no Google Docs.
Polar

Polar

O Polar é um aplicativo de desktop poderoso para gerenciar todo o seu conteúdo da web, livros e notas.A Polar mantém todo o seu conteúdo em um só lugar, suporta marcação, anotação, destaque e mantém o controle de seu progresso na leitura..
Citavi

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Gerenciamento de referência e organização do conhecimento com planejador de tarefas integrado. Solução para grupos de trabalho com compartilhamento de dados na intranet disponível.
  • Freemium
 ReadCube Papers

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Os documentos ajudam a coletar e selecionar o material de pesquisa pelo qual você é apaixonado.
EndNote

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Software de gerenciamento de referência com suporte para colaboração, acesso remoto e automação.
  • Pago
ReadCube

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Os aplicativos iOS de desktop e móveis do ReadCube estão disponíveis gratuitamente para Mac e PC e oferecem aos pesquisadores a capacidade de descobrir e acessar a literatura mais rapidamente, organizar sua ...
BibDesk

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O BibDesk é um gerenciador de referências bibliográficas para o Mac OS X. O BibDesk foi projetado para ajudar a organizar e usar bancos de dados bibliográficos no formato .bib do BibTeX.
  • Grátis
BibSonomy

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BibSonomy é um sistema para compartilhar favoritos e listas de literatura (formato BibTex).