O VMD é capaz de trabalhar com estruturas muito grandes até os limites da memória disponível.As versões de 64 bits do VMD permitem que trajetórias de simulação de grande e longo prazo sejam carregadas na memória física e acomodam grandes conjuntos de dados volumétricos.A simulação de capsídeo do HIV de 64 milhões de átomos descrita na edição de 30 de maio de 2013 da Nature é um exemplo de primeira classe do que pode ser feito com o VMD em uma estação de trabalho gráfica adequadamente equipada.O modelo HIV-1 foi preparado para simulação usando as ferramentas de construção da estrutura e os recursos de script do VMD foram posteriormente utilizados para análise de trajetória.A estrutura de todos os átomos do capsídeo do HIV-1 mostrada na capa da Nature foi renderizada no VMD usando o mecanismo de rastreamento de raios Tachyon interno e, em seguida, foi composta com uma representação artística do envelope viral e do texto da capa da Nature....