Protótipo 1: O jogo se passa na cidade de Nova York, onde uma praga virulenta conhecida como Blacklight está se espalhando por Manhattan.Os infectados são transformados em monstros hediondos de formas variadas, com um desejo incontrolável de matar todas as formas de vida não infectadas.No centro, está o protagonista, Alex Mercer, um metamorfo incrivelmente poderoso, sem memória de seu passado.Paralelamente à história do jogo, está a capacidade de jogar como um videogame no estilo sandbox, dando ao jogador a liberdade de andar por Manhattan.Prototype é um videogame de mundo aberto de ação e aventura desenvolvido pela Radical Entertainment e publicado pela Activision.O jogo foi lançado na América do Norte em 9 de junho de 2009 e nas partes do sudoeste da América do Norte e da Oceania em 10 de junho. Foi lançado na Europa em 12 de junho.em um necrotério no porão da Gentek, uma empresa de engenharia genética com sede em Manhattan, enviando um par de cientistas que estavam prestes a realizar uma autópsia.Alex escapa e testemunha os cientistas sendo mortos a tiros por agentes militares.Alex é descoberto e atacado ... Protótipo 2: O jogo apresenta um novo protagonista, James Heller, enquanto ele parte em uma missão para destruir o vírus Blacklight.A história também é de vingança, pois Heller quer matar Alex Mercer, protagonista do Protótipo original, depois que sua família foi morta no surto do vírus Blacklight.Trama 14 meses após o Prototype, Manhattan foi novamente colocada em quarentena, devido a um segundo surto, um muito pior que o primeiro, e bloqueado dos outros bairros da cidade de Nova York, que foi renomeada como New York Zero (NYZ).Os bairros de Nova York foram divididos em três zonas, a Zona Vermelha, Amarela e Verde.Cada região representa como a cidade de Nova York é afetada pelo vírus Blacklight.A maioria dos bairros do Zero de Nova York foram infectados.James Heller terá missões em cada zona e a dificuldade de cada missão dependerá de qual zona é