Mark of the Ninja consiste em plataformas 2D furtivas.É necessário que o personagem se esgueire por uma série de ambientes enquanto fica fora da vista dos guardas e realiza quedas silenciosas.Os níveis são divididos em áreas de luz e escuridão;o personagem do jogador é invisível enquanto estiver no último.Sons como correr também podem revelar a localização do personagem do jogador e são representados visualmente por um círculo em rápida expansão.Incomum para um jogo de plataformas, Mark of the Ninja emprega uma mecânica de linha de visão, o que significa que inimigos que seriam invisíveis para o personagem também são invisíveis para o jogador, embora seus sons sejam representados na tela da mesma maneira que o personagem do jogador... Ao se aproximar dos inimigos sem ser detectado, o personagem do jogador é capaz de executar uma matança de um golpe.Para facilitar isso, o jogador pode extinguir fontes de luz, se esconder atrás de objetos e passar por grades estreitas e eixos inacessíveis aos inimigos.Se detectados, eles devem fugir de seus inimigos e permanecer fora da vista por um período determinado, após o que os inimigos retornarão às suas posições originais e as execuções com um golpe serão novamente possíveis.Os inimigos respondem ao ambiente e um ao outro;eles tocarão um alarme se encontrarem o personagem do jogador ou encontrarem um corpo, o que alertará todos os inimigos na área.Se eles ouvem um som ou vislumbram o personagem do jogador, ficam desconfiados, exibindo um ponto de interrogação sobre a cabeça e procurando ativamente pelo personagem do jogador.Sinopse: A história do jogo começa com um ataque de uma força armada em uma base ninja.O personagem principal sem nome, desmaiado após receber uma tatuagem, é despertado por uma ninja feminina chamada Ora.Reunindo seu equipamento, o ninja é capaz de derrotar os soldados e salvar seu mestre, Azai, ao lado de seus outros companheiros.Azai conta a ele sobre o poder de sua tatuagem e a lenda ao redor, explicando como a tinta vem de uma flor especial do deserto que concede habilidades especiais, mas a um custo ...