Javadoc

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Javadoc é uma ferramenta da Sun Microsystems para gerar documentação da API no formato HTML a partir de comentários de documentos no código-fonte.
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Alternativas ao Javadoc para Windows

Doxygen

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O Doxygen é uma ferramenta para gerar documentação a partir de fontes C ++ anotadas, bem como outras linguagens de programação populares como C, Objective-C, C #, PHP, Java, Python, IDL (CORBA ...
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Gerador de documentação PHP baseado na análise de docblock.
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