O Cytoscape é uma plataforma de software de código aberto para visualizar redes complexas e integrá-las a qualquer tipo de dado de atributo.Muitos plugins estão disponíveis para vários tipos de domínios problemáticos, incluindo bioinformática, análise de redes sociais e web semântica.O Cytoscape suporta muitos casos de uso em biologia molecular e de sistemas, genômica e proteômica: Carrega conjuntos de dados de interação molecular e genética em vários formatos Projete e integre conjuntos de dados globais e anotações funcionais Estabeleça mapeamentos visuais poderosos com esses dados Execute análises e modelagens avançadas usando plug-ins do Cytoscape Visualizee analisar conjuntos de dados de vias com curadoria humana, como Reactome ou KEGG.