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O Mutagen usa uma versão bidirecional do algoritmo rsync para sincronizar com segurança, escalabilidade e eficiência o conteúdo do sistema de arquivos entre pares arbitrários de locais quase em tempo real.Atualmente, o suporte é implementado para locais em sistemas de arquivos locais, sistemas de arquivos acessíveis por SSH e sistemas de arquivos em contêiner Docker.O conteúdo do sistema de arquivos é monitorado para alterações nos dois locais e quaisquer alterações não conflitantes são propagadas automaticamente.